Większość opracowań dotyczących o. Pio skupia się na jego cierpieniu i doświadczeniach mistycznych. Gubi się w nich gdzieś jego bardzo bezpośrednia i energiczna osobowość oraz zdolność do szybkiej, a błyskotliwej riposty.
Kiedy tylko okazało się, że (wtedy jeszcze młody) kapucyn ma zdolność czynienia cudów, a potem rozeszła się wieść, że ma stygmaty, do klasztoru w San Giovanni Rotondo zaczęły ciągnąć tłumy. Niektórzy przychodzili, by prosić o pomoc, inni z ciekawości.
Byli i tacy, którzy chcieli się zabawić kosztem zakonnika. Do tej ostatniej grupy należało kilkoro młodych ludzi, którzy przyjechali lekko podchmieleni i głośno domagali się spotkania z o. Pio, niby to w celach pobożnościowych. Byli na tyle namolni, że kapucyni dla świętego spokoju chcieli dać im możliwość widzenia się ze współbratem.
Tymczasem on zniknął. Przeszukano cały klasztor, sprawdzono wszystkie zakamarki, a stygmatyk jakby pod ziemię się zapadł. Pojawił się dopiero wtedy, kiedy żartownisie odjechali, rozżaleni utratą możliwości zobaczenia takiego dziwa jak mistyk.
Zresztą podobnie niechętnie podchodził do robienia mu zdjęć. Bardzo długo albo nie było go widać na fotografiach, albo klisze ulegały prześwietleniu. Znamy jego fotograficzne podobizny tylko dlatego, że w pewnym momencie przełożeni wydali mu polecenie, żeby… dał się sfotografować.
Życie o. Pio, oprócz stygmatów, było naznaczone wieloma chorobami i bólem. Może dlatego nieco irytował go współbrat hipochondryk, wyszukujący sobie nieustannie choroby. Męczyły go, jak twierdził, uporczywe bóle głowy, więc przełożeni wysłali go na badania.
Te, oczywiście, nic nie wykazały. Po powrocie ze szpitala „chory” natknął się na korytarzu na mistyka i zagadnął: „A wiesz, ojcze, okazało się, że nic w tej mojej biednej głowie nie ma”. Na co o. Pio spojrzał na rozmówcę z żartobliwym błyskiem w oku i odparł: „O tym akurat wszyscy wiedzieli od dawna”.
Stygmatyk był cenionym spowiednikiem i często trafiały do niego tzw. ciężkie przypadki. Jednym z nich była pewna kobieta cierpiąca na poważne skrupuły. Ojciec Pio w ramach pouczenia po spowiedzi zakazał jej przystępowania do tego sakramentu przez najbliższy miesiąc. Zagroził też, że jeśli penitentka nie zastosuje się do tego polecenia, kapucyn zastosuje karę fizyczną.
Kobieta już kilka dni później uległa pokusie uznania, że ona na pewno ma na sumieniu grzech ciężki i musi iść do spowiedzi. Bojąc się o. Pio, pojechała do innego miasta, wyspowiadała się, nie przyznając się do otrzymanego zakazu.
Kiedy odeszła od kratek konfesjonału, jej spowiednik nagle usłyszał odgłos towarzyszący policzkowaniu – tym głośniejszy, że kościół był pusty. Wyjrzał i zobaczył swoją penitentkę z zaczerwienionym policzkiem. Okazało się, że o. Pio w wymierzeniu konsekwencji nie przeszkodziła ani odległość, ani dyskrecja upartej owieczki.
Ze względu na nadzwyczajny dar mistyczny, jakim były stygmaty, część opinii publicznej uważała o. Pio za oszusta lub szaleńca. Była nawet teoria, że rany są wynikiem autosugestii. Mianowicie ciało mistyka miało tak zareagować na zbyt emocjonalne i długotrwałe rozważania męki Pańskiej.
Ktoś z otoczenia o. Pio doniósł mu, że pewien naukowiec uważa go właśnie za ofiarę zbyt gorliwej pobożności pasyjnej. Kapucyn odparł: „Poradźcie temu uczonemu, żeby poszedł na łąkę i tam intensywnie myślał, że jest krową. Zobaczymy, czy wyrosną mu rogi!”.
