Każdy nowy papież ma możliwość wyboru imienia; kardynał Joseph Ratzinger został Benedyktem XVI. Imię to różni się od imion wielu jego poprzedników, którzy wybrali imiona Paweł czy Jan Paweł. Wybór imienia wynikał z dwóch podstawowych powodów, które Ojciec Święty ujawnił podczas swojej pierwszej audiencji generalnej po konklawe.
Benedykt XV
Papież wyjaśnił, iż na wybór imienia wpłynął jego poprzednik, Benedykt XV:
"Zdecydowałem, że będę się nazywał Benedykt XVI, by nawiązać do postaci czcigodnego papieża Benedykta XV, który przewodził Kościołowi w okresie zamętu spowodowanego przez I wojnę światową. Był on mężnym i prawdziwym prorokiem pokoju, z wielką odwagą czynił wszystko, co możliwe - najpierw, by uniknąć dramatu wojny, a następnie — by ograniczyć jej zgubne skutki. Idąc w jego ślady, pragnę, aby moja posługa przyczyniła się do pojednania i zgody między ludźmi i narodami, bo jestem głęboko przeświadczony, że wielkie dobro pokoju jest przede wszystkim darem Bożym, kruchym niestety i drogocennym, o który należy prosić, którego trzeba strzec; pokój musi być budowany dzień za dniem z udziałem wszystkich ludzi".
Św. Benedykt z Nursji
Drugim powodem było osobiste nabożeństwo Ratzingera do św. Benedykta z Nursji.
"Imię Benedykt przywołuje pamięć o postaci wielkiego „Patriarchy monastycyzmu zachodniego” — św. Benedykta z Nursji, współpatrona Europy wraz ze świętymi Cyrylem i Metodym oraz świętymi kobietami: Brygidą Szwedzką, Katarzyną Sieneńską i Edytą Stein. Stopniowy rozwój założonego przez niego zakonu benedyktyńskiego miał ogromny wpływ na rozpowszechnienie się chrześcijaństwa na całym kontynencie. Dlatego św. Benedykt jest otaczany wielką czcią również w Niemczech, a zwłaszcza w Bawarii, na mojej rodzinnej ziemi. Jest zasadniczym punktem odniesienia dla jedności Europy i z mocą przypomina o niezbywalnych chrześcijańskich korzeniach jej kultury i cywilizacji.
Znamy zalecenie, które ten ojciec monastycyzmu zachodniego pozostawił mnichom w swojej Regule: „Absolutnie nic nie przedkładać nad Chrystusa” (Reguła 72, 11; por. 4, 21). Na początku mojej posługi jako Następca Piotra proszę św. Benedykta o pomoc, abyśmy przyznawali Chrystusowi centralne miejsce w naszym życiu. Niech Chrystus będzie zawsze na pierwszym miejscu w naszych myślach i we wszelkich naszych działaniach!".
Wybór imienia miał więc głębokie znaczenie i pomagał Ojcu Świętemu w trakcie całego pontyfikatu.