Słowa „W imię Ojca i Syna i Świętego Ducha/Ducha Świętego” chrześcijanie Wschodu i Zachodu wypowiadają codziennie. Przekazy o wykonywaniu przy tej inwokacji odpowiednich gestów pochodzą z czasów apostolskich.
W pierwotnym Kościele rozpowszechniona była opowieść, jak św. Jan Apostoł napotkał leżącego przy drodze człowieka, cierpiącego na gorączkę. Uczynił nad nim ręką znak krzyża, przyzywając przy tym imiona Boga Ojca, Chrystusa i Ducha Świętego. Po modlitwie chory wyzdrowiał.
Na początku III wieku Tertulian pisał, że wspominanie imion Trójcy Świętej i wykonywanie przy tym ręką znaku krzyża – na czole, splocie słonecznym i ramionach – stale towarzyszy wyznawcom chrześcijaństwa.
Znak krzyża był od początku Kościoła jednym z najważniejszych elementów modlitwy błogosławieństwa, czyli poświęcenia i ofiarowania Bogu wszelkich naszych myśli i wykonywanych czynności, a nawet przedmiotów codziennego użytku. Na wielu ikonach, postacie Chrystusa i świętych wykonują prawą dłonią gest błogosławieństwa.
Ustawienie palców świętych postaci jest szczególne: mają złączone trzy palce (najczęściej kciuk, wskazujący i środkowy), które podnoszą nieco w górę i równocześnie, oddzielnie złączone kolejne dwa palce, znajdujące się nieco niżej.
Trzy palce symbolizują Trójcę Świętą, pozostałe dwa – podwójną, bosko-ludzką naturę Chrystusa, której rozum nie jest w stanie w pełni pojąć (stąd pozycja palców serdecznego i małego jest nieco zasłonięta).
Układająca się tak dłoń ma również odwzorować układ czterech liter alfabetu greckiego, oznaczających Chrystusa: IC XC.
Od czasów apostolskich starano się przy wykonywaniu znaku krzyża zachować tego rodzaju ułożenie palców. I tak, trzy złączone place dotykają najpierw czoła i wzywają imię Ojca, aby oddać Mu wszystkie nasze myśli.
Następnie palce wędrują do splotu słonecznego, aby oddać Chrystusowi całe nasze ciało. W końcu, poprzez dotknięcie ramion, od prawego do lewego, Duchowi Świętemu ofiarujemy wszystko to, co wykonujemy pracą rąk. Wszystkie te błogosławieństwa wpisujemy w kształt krzyża świętego, na którym dokonało się zbawienie świata.
Modlitwa ta jest wykonywana zgodnie z greckim zapisem sekwencji „W imię Ojca i Syna, i Świętego Ducha” (εἰς τὸ ὄνομα τοῦ Πατρὸς καὶ τοῦ Υἱοῦ καὶ τοῦ Ἁγίου Πνεύματος). Różni się ona od zapisu łacińskiego (In nomine Patris, et Filii, et Spiritus Sancti) szykiem rzeczownika „Duch” (gr. „Πνεύματος”, łac. „Spiritus”). W grece występuje on po przymiotniku „święty”, w łacinie – przed nim.
Szyk grecki został uwzględniony we wschodnim sposobie wykonywania znaku krzyża, gdzie najpierw dotykamy ramienia prawego, wypowiadając słowo „Święty”, następnie lewego, mówiąc „Duch”. Ten sposób zachowali do dzisiaj wierni Kościoła prawosławnego, grekokatolicy i członkowie wielu innych Kościołów wschodnich.
Powyższe wytłumaczenie różnic pomiędzy tradycją grecką („prawostronną”) i łacińską („lewostronną”) wydaje się logiczne. Badacze historii Kościoła nie mają jednoznacznej opinii, czy zawsze chrześcijański Zachód żegnał się otwartą prawą dłonią (prawdopodobnie symbolizującą pięć ran Ukrzyżowanego – pięć palców razem) i w lewą stronę. Nie dysponujemy bowiem żadnymi rycinami, które mogłyby to jednoznacznie rozstrzygnąć.
Rzymskokatolicki biskup John Walsh w pracy dotyczącej historii liturgiki „The mass and the vestments of the Catholic Church: liturgical, doctrinal, historical i archeological” (wydana w Nowym Jorku w 1916 roku) twierdził, że co najmniej do czasów papieża Piusa V (1566-72) na Zachodzie żegnano się podobnie jak na Wschodzie.
Potwierdzeniem tego miały być także słowa innego papieża, Innocentego III, który jeszcze w XIII wieku mówił, że znak krzyża wykonujemy z prawej strony do lewej, ponieważ Chrystus przyszedł od Żydów do pogan. Jednocześnie, ten sam hierarcha zwracał uwagę, że wielu wiernych wykonuje gest w lewą stronę, wierząc, że symbolizuje przejście ze śmierci do życia dzięki krzyżowi.
Uważa się również, że wiele zakonów kontemplacyjnych: cystersi, kameduli oraz karmelici trzewiczkowi i bosi jeszcze długo po Soborze Trydenckim zachowywali zwyczaj żegnania się od strony prawej do lewej.
Obydwa sposoby czynienia znaku krzyża są ortodoksyjne i mają uzasadnienie teologiczne. Najważniejsze, abyśmy wykonując je, mieli świadomość tego, o czym nauczał św. Cyryl Jerozolimski: znak krzyża to wielka łaska Boża, znak dla wiernych i postrach dla złych duchów.